Lucas Paqueta memulai karirnya dalam sepakbola profesional sejak 2016 dipromosikan ke tim profesional Flamengo dan menandatangani perpanjangan kontrak hingga 2020.
Pada tanggal 5 Maret 2016, Lucas memulai debutnya sebagai starter dalam kemenangan 3-1 atas Bangku dalam pertandingan Liga Negara Bagian Rio de Janeiro 2016.
Paqueta mencetak gol profesional pertamanya pada 19 Februari 2017 dalam kemenangan 4-0 melawan Madureira di Estadio Raulino de Oliveira di Volta Redonda.
Paqueta mencetak gol di final Copa do Brasil 2017 dengan hasil imbang 1-1 melawan Cruzeiro di Stadion Maracan dan di final Copa Sudamericana 2017 melawan Independiente, juga hasil imbang 1-1 di Maracanã.
Di Campeonato Carioca 2018, Lucas Paqueta terpilih sebagai pemain sayap kiri terbaik di turnamen tersebut dan merupakan satu-satunya pemain Flamengo yang terpilih.
Selama dua musim bermain untuk Flamengo, Paqueta telah mencatatkan 95 penampilan disemua kompetisi dengan torehan 18 gol.
Pada 10 Oktober 2018, kantor berita di seluruh Brazil dan Italia melaporkan bahwa telah terjadi kesepakatan 35 juta Euro atau sekira Rp602 Miliar antara A.C. Milan dan Flamengo untuk transfer pemain.
Pada tanggal 4 Januari 2019, transfer tersebut akhirnya resmi, dengan Milan mengumumkan bahwa Paqueta telah menandatangani kontrak lima tahun dan memilih untuk memakai nomor punggung 39.