Mereka berdua kompak meninggalkan pelatnas pada tahun 2009. Hendra berkarier sebagai pemain profesional selama tiga tahun bersama Kido.
Mereka juga sempat meraih beberapa gelar pada turnamen yang diselenggarakan pada tingkat internasional. Namun seiring berjalannya waktu, prestasi mereka terus menurun hingga gagal tampil di Olimpiade London 2012.
Kemudian Hendra Setiawan dan Markis Kido pun mulai berpisah usai gagal masuk Olimpiade London 2012. Tak lama, Hendra pun kembali ke pelatnas di tahun 2012 dan mulai berduet dengan Mohammad Ahsan.
Pada debutnya, pasangan ini terbilang sangat baik. Mereka langsung berhasil meraih berbagai gelar juara hingga menduduki peringkat satu dunia.
Mereka pun akhirnya lolos ke Olimpiade Rio 2016, namun diluar dugaan, pasangan ini justru terhenti di babak fase grup. Mereka pun akhirnya berpisah setelah Hendra memutuskan untuk keluar dari pelatnas.
Baca Juga: Atlet Ini Dihukum 10 Tahun Gegara Tolak Bertanding Lawan Israel di Olimpiade Tokyo 2020, Siapa Dia?
Saat kariernya sebagai pemain independen, Hendra pernah berpasangan dengan atlet Malaysia, Tan Boon Heong. Namun sayangnya, prestasi mereka kurang memuaskan.
Akhirnya Hendra Setiawan pun dipanggil kembali untuk masuk dalam pelatnas tahun 2018 dan kembali berpasangan dengan Mohammad Ahsan.
Usai setahun menghuni pelatnas Cipayung, Hendra Setiawan dan Mohammad Ahsan memutuskan berkarier sebagai pemain profesional dan mundur dari pelatnas.