Pada 15 April 2017 Kubo menjadi pemain termuda yang mencetak gol di J.League pada usia 15 tahun, 10 bulan dalam kemenangan 1-0 atas Cerezo Osaka U-23.
Baca Juga: Instagram Mitzi Abigail, Mantan Atlet Bulutangkis Perempuan Cantik Pacar Anthony Ginting
Kemudian pada 3 Mei, ia memulai debutnya untuk tim utama di J.League YBC Levain Cup dengan bermain selama 25 menit dalam kemenangan 1-0 melawan Hokkaido Consadole Sapporo.
Pada 16 Agustus 2018, ia bergabung dengan Yokohama F. Marinos dengan status pinjaman setengah tahun.
Dia langsung mencetak gol pada debutnya bersama Marinos dalam pertandingan tandang melawan Vissel Kobe.
Sejak awal musim 2019, Kubo menjadi starter reguler untuk FC Tokyo di J.League YBC Levain Cup dan J.League mencetak gol di kedua kompetisi.
Pada 14 Juni 2019, Kubo menandatangani kontrak dengan klub raksasa Spanyol Real Madrid dengan kontrak lima tahun.
Meskipun terdaftar di tim U-19 mereka, ia diharapkan bermain untuk Real Madrid B selama musim 2019–20.