Pada bulan April 2010, Kubo terpilih sebagai anggota tim FC Barcelona School dan berpartisipasi dalam turnamen Sodexo European Rusas Cup di Belgia.
Pada Agustus 2011, Takefusa Kubo diundang untuk bergabung dengan akademi muda FC Barcelona, La Masia, setelah berhasil lulus uji coba.
Kubo mulai bermain untuk Barca Aleví C (U-11). Selama musim penuh pertamanya pada 2012-13, ia menjadi pencetak gol terbanyak di liga dengan 74 gol dalam 30 pertandingan.
Baca Juga: Profil Yuki Ishikawa, Atlet Bola Voli Asal Jepang yang Curi Perhatian Netizen Indonesia
Namun klub Spanyol itu kemudian diketahui telah melanggar kebijakan transfer internasional FIFA untuk pemain muda di bawah 18 tahun, membuat Kubo tidak memenuhi syarat untuk bermain untuk klub tersebut.
Kubo akhirnya kembali ke Jepang pada Maret 2015 untuk mencari waktu bermain, menandatangani kontrak dengan tim junior FC Tokyo.
Pada September 2016, ia dipromosikan ke tim senior pada usia lima belas tahun dan melakukan debutnya pada 5 November.
Baca Juga: Hasil Perempat Final Bola Voli Putra Olimpiade Tokyo 2020: Tuan Rumah Jepang Tumbang dari Brazil
Kubo melakukan debut resminya untuk tim cadangan di Liga J3 sebagai pemain pengganti saat turun minum untuk pertandingan melawan AC Nagano Parceiro.
Kubo membuat debut profesionalnya di J.League dan berhasil memecahkan rekor sebagai pemain termuda di usia 15 tahun, 5 bulan dan satu hari.