Di laga Internasional, Kubo telah terlibat dalam tim nasional Jepang dari U-15 hingga tingkat senior.
Pada usia lima belas tahun, ia terpilih ke tim nasional Jepang U-20 untuk Piala Dunia U-20 FIFA 2017.
Sesaat sebelum menginjak usia delapan belas tahun, Kubo masuk dalam skuat untuk Copa América 2019, yang menandai panggilan pertamanya ke skuat senior.
Dia melakukan debutnya pada 9 Juni 2019 dalam pertandingan persahabatan melawan El Salvador, sebagai pemain pengganti Takumi Minamino pada menit ke-67.
Pada Juli 2021, ia dimasukkan dalam skuad 22 pemain tim U-23 untuk Olimpiade Musim Panas 2020.
Sejauh ini, Kubo telah bermain di Olimpiade Tokyo 2020 sebanyak empat pertandingan dengan catatan tiga gol serta mengantarkan Jepang ke babak semi final.***