Pada November 2016, Lee memenangkan medali perunggu di Kejuaraan Dunia Junior setelah kalah dari Chico Aura Dwi Wardoyo di semifinal. Di bulan yang sama, ia melaju ke final India International Series namun dikalahkan oleh Lakshya Sen.
Pada Oktober 2018, Lee mencapai final China Taipei Open dengan mengalahkan pemain tunggal putra peringkat empat dunia, Chou Tien-chen di semifinal. Dia mengalahkan Riichi Takeshita di final untuk memenangkan gelar Tur Dunia BWF pertamanya dan gelar internasional kedua secara keseluruhan.
Dengan melakukan itu, ia menjadi orang Malaysia kedua selain Lee Chong Wei yang memenangkan gelar tunggal putra papan atas BWF sejak 2013. Lee kemudian mencapai final Masters Korea tetapi kalah dari Son Wan-ho.
Baca Juga: Greysia Polii Pamit Pensiun di Piala Uber 2020, Momen Perpisahannya Ternodai Gara-gara Ini
Lee mengawali musim 2019 dengan berlaga di Thailand Masters. Dia kalah di perempat final dari Brice Leverdez dari Prancis dalam game langsung. Di turnamen berikutnya, ia juga finis di perempat final Malaysia Masters, Indonesia Masters, dan German Open.
Ia kemudian kalah di babak awal Swiss, Malaysia, dan Singapura Terbuka. Dia mengakui bahwa dia telah berjuang untuk mengatasi kesulitan keuangan, kurangnya kemajuan dan ketidakadilan yang mempengaruhi penampilannya.
Pada bulan Agustus, Lee akhirnya berhasil mencapai semifinal di Thailand Open, di mana ia kalah dari Chou Tien-chen dari Chinese Taipei. Ini tetap merupakan peningkatan untuk menjadi perempat finalis di Selandia Baru dan Indonesia Terbuka.
Dia memenuhi syarat untuk bersaing di Kejuaraan Dunia di Basel, Swiss, tetapi kalah dari pemain tunggal putra ranking 1 Dunia, dan Juara Dunia, Kento Momota dari Jepang di perempat final.